Некоторые проблемы, которые возникают при построении модели состава системы:

• Разнообразие возможных делений системы на части. 1 В зависимости от цели исследования, постановки задачи и исходной информации одну и ту же систему можно представить в виде различных частей и иерархий. 2
• Субъективное определение элементарности. 1 Модель состава зависит от того, что считать элементарным, а это понятие оценочное и субъективное. 1
• Условность разбиения системы на подсистемы. 2 Границы между подсистемами условны и относительны. 3 То же можно сказать о границах самой системы с окружающей средой. 3
• Неоднозначность границ между системой и средой. 2 Они определяются целями построения модели и не имеют абсолютного характера. 2
• Ошибки в оценке существенности связей. 1 Неучтённые связи в реальности не устраняются и продолжают действовать, иногда они на самом деле являются весьма существенными. 3