Некоторые признаки, которые отличают клювоголовых от других пресмыкающихся:

• Относительно небольшие размеры. 1 Обычно не превышают около полуметра. 1
• Наличие ямки на конце языка. 1 Также к сходным признакам относятся отхождение кожи от всего тела сразу при линьке, клоака, открывающаяся поперечной щелью, отсутствие отверстия в стремечке, срастание тазовых костей у взрослых особей, а также наличие плоскостей перелома в хвостовых позвонках, что позволяет им отбрасывать хвост. 1
• В отличие от чешуйчатых, клювоголовые имеют гастралии, нижнее височное окно закрыто или почти закрыто, при этом скуловая кость контактирует с чешуйчатой, на нижней челюсти имеется хорошо выраженный венечный отросток, а на предчелюстной кости имеется вырост. 1
• Наличие теменного глаза. 24 Это пузыревидный орган, имеющий слой светочувствительных клеток и подобие хрусталика. 4 Он помогает животному регулировать температуру тела путём выбора места и позы по отношению к солнечным лучам. 4
• В сердце есть венозная пазуха (синус), куда впадают полые вены. 4 Этот отдел имеется в сердце рыб и в сердце земноводных, но отсутствует как особый отдел сердца у других современных пресмыкающихся. 4