В основе правил Чаргаффа лежит принцип комплементарности — взаимодействие оснований, при котором они дополняют друг друга до определённой структуры, одинаковой для всех пар. 5

Правила Чаргаффа описывают количественные соотношения между различными типами азотистых оснований в ДНК: 2

• Количество аденина равно количеству тимина, а гуанина — цитозину: А=Т, Г=Ц. 2
• Количество пуринов равно количеству пиримидинов: А+Г=Т+Ц. 2
• Количество оснований с аминогруппами в положении 6 равно количеству оснований с кетогруппами в положении 6: А+Ц=Т+Г. 2

При этом соотношение (A+Т): (Г+Ц) может быть различным у ДНК разных видов. 2