В основе классификации фенов в популяционно-зоологических исследованиях лежат следующие принципы:

1. Сопоставление наблюдаемой изменчивости по отдельным комплексам признаков или свойствам (окраске, рисунку, форме отдельных частей тела, вариантам строения отдельных органов и систем). 24
2. Выделение признаков, подверженных возрастным и половым изменениям. 24 Обычно такие признаки не включаются в фенетические исследования на животных. 2
3. Выделение в общей изменчивости признаков и свойств дискретных характеристик, их анализ на дальнейшую делимость. 2
4. Анализ данных по генетике филогенетически близких форм. 2
5. Анализ косвенных данных о характере наследования отдельных признаков у данного вида (выраженность признака у родителей и потомков, в одном приплоде, группе семей и т. п.). 2
6. Проверка правильности выделения фенов на природном материале. 2 Обычно удачно выделенные фены на достаточно разнообразном материале из природных популяций показывают определённые тенденции в распространении их в пространстве или во времени. 4

Установление достоверности различий между фенами различных популяций производится с помощью стандартных статистических методик. 2