Палеонтология изучает различия в систематике вымерших и современных организмов по следующим причинам:

• Переходность между разными систематическими группами. 1 Во время раскопок обнаруживались находки, не похожие ни на одно из современных животных. 1 Некоторые из вымерших видов имели признаки разных групп животных. 1 Например, у ископаемых позвоночных стегоцефалов были признаки рыб и земноводных. 1

• Видоизменение органов, имеющих общее происхождение. 2 Наличие у организмов разных групп (классов, семейств и т. д.) гомологичных органов даёт возможность установить степень родства между ними, проследить их эволюцию. 2

• Игнорирование эволюционного содержания биоразнообразия. 4 Палеонтологи, использующие определённые методы систематики, могут игнорировать эволюционное содержание при построении классификаций. 4 В результате система перестаёт служить накоплению знаний об эволюции. 4