Некоторые преимущества малых органических флюорофоров по сравнению с другими типами флуоресцентных соединений:

• Возможность менять фотофизические свойства. 12 Это достигается за счёт варьирования функциональных групп, что позволяет создавать флуоресцентные зонды на основе таких молекул. 13
• Малый размер. 12 Малые молекулы часто способны более эффективно проникать в биологические системы, ковалентно или нековалентно взаимодействовать с аналитами, осуществлять внутримолекулярный перенос заряда. 4
• Широкий спектр флуоресценции. 5 Цвет флуоресценции малых органических флюорофоров может варьироваться в очень широких пределах. 5
• Возможность селективного ковалентного мечения биомолекул. 12

Кроме того, флуоресценцию малых органических флюорофоров можно «включать» с помощью минимальных изменений в химической структуре. 13