Некоторые преимущества молекулярной коммутации перед традиционной комплементарной системой хранения информации:

• Больше вариантов регуляции генов. 13 Молекулярная коммутация позволяет реализовать большее количество вариаций регуляции работы гена, чем комплементарный механизм. 13 Например, используя 20-нуклеотидные последовательности, можно реализовать не менее 10172 вариаций, в то время как комплементарный механизм допускает приблизительно 1012 вариантов. 13
• Возможность передачи информации без прямого связывания. 23 Олигонуклеотиды могут передавать информацию через молекулу-посредника, даже если они не связываются друг с другом напрямую. 23
• Большая ёмкость хранения данных. 14 Компьютерное моделирование показало, что система из 1000 олигонуклеотидов может обрабатывать информацию и создавать 572-битную ячейку, что превосходит по ёмкости все имеющиеся ячейки в современных запоминающих устройствах. 14
• Возможность взаимодействия с другими молекулами. 14 Молекулярная коммутация может происходить не только между нуклеиновыми кислотами, но и между ДНК и другими молекулами, например белками. 14