Некоторые преимущества концепции функциональных систем перед классической рефлекторной теорией:

• Акцент на результате. 1 В отличие от рефлекторной теории, которая ограничивается действием в ответ на стимул, концепция функциональных систем доводит анализ поведения до полезного адаптивного результата. 1 Живым существам важны не действия, а результаты деятельности, удовлетворяющие их потребности. 1
• Учёт большего числа факторов. 4 В концепции функциональных систем учитываются внутреннее состояние животного, его потребности, мотивация, память. 4 Это исключает подход к животному как к автомату, который характерен для рефлекторной теории. 4
• Акцент на целенаправленности поведения. 4 Классическая теория рефлекса не включала понятие целенаправленности, в то время как концепция функциональных систем утверждает его как один из основных принципов жизнедеятельности организмов. 4
• Регулятивные свойства. 2 При любом дефекте в одной из частей функциональной системы, приводящем к нарушению полезного эффекта, происходит быстрая перестройка составляющих её процессов. 2