Некоторые преимущества бюджетного учреждения образования по сравнению с автономным:

• Жёсткая связь с бюджетом. 1 Бюджетные учреждения осуществляют деятельность в соответствии с государственным заданием, от выполнения которого не вправе отказаться. 3 Финансовое обеспечение выполнения этого задания осуществляется в виде субсидий из соответствующего бюджета. 3
• Ограничения в распоряжении имуществом. 13 Бюджетное учреждение без согласия собственника не вправе распоряжаться особо ценным движимым и недвижимым имуществом. 3
• Ответственность только денежными средствами. 1 Бюджетное учреждение отвечает по своим обязательствам только в объёме денежных средств, находящихся в его распоряжении. 1

Автономные учреждения, в отличие от бюджетных, обладают большей финансово-хозяйственной самостоятельностью и рядом привилегий: 2

• Самостоятельное распоряжение доходами. 2 Автономное учреждение самостоятельно распоряжается доходами, полученными от оказания платных услуг или исполнения работ по договорам помимо исполнения задания учредителя. 2
• Возможность открывать счета в кредитных организациях. 12 Расходование средств автономным учреждением не контролируется органами Казначейства Российской Федерации. 2
• Возможность привлекать заёмные средства. 2 Автономное учреждение вправе привлекать заёмные средства в рамках осуществления своей деятельности. 2
• Отсутствие необходимости использовать регламентированную процедуру государственных закупок. 4 На автономные учреждения не распространяется ФЗ №94, что существенно понижает риск заключения договоров с недобросовестными поставщиками. 4