Некоторые преимущества муниципальных автономных образовательных учреждений:

• Самостоятельное распоряжение заработанными средствами и имуществом. 12
• Возможность заработать и привлечь дополнительные средства для развития учреждения. 1
• Самостоятельное планирование бюджета (плана финансово-хозяйственной деятельности). 12
• Отсутствие контроля за расходованием финансовых средств со стороны казначейства. 12
• Возможность привлечения кредитных средств. 12
• Возможность не использовать регламентированную процедуру государственных закупок, что понижает риск заключения договоров с недобросовестными поставщиками. 12
• Возможность самостоятельно формировать и утверждать штатное расписание исходя из реальных потребностей и фонда заработной платы. 3

Некоторые недостатки муниципальных автономных образовательных учреждений:

• Отсутствие чётких параметров бюджетного финансирования (единый норматив по разным уровням образования отсутствует). 12
• Полномочия руководителя существенно ограничены наблюдательным советом. 12
• Возможные сложности при заключении договоров с поставщиками (ответственность автономных учреждений ограничена). 12
• Дефицит персонала, необходимого для работы в новых условиях (юристов, маркетологов, экономистов и т. д.). 12
• Несоблюдение платёжной дисциплины государственных структур разного уровня и, как следствие, затруднения в выполнении государственного задания. 12