Бинокулярные микроскопы имеют следующие преимущества:

• использование одновременно двух глаз снижает нагрузку на зрение и обеспечивает более чёткое восприятие изображения; 5
• большое рабочее расстояние облегчает манипуляции с изучаемыми образцами; 4
• упрощённая работа по смене любой детали в процессе проведения исследовательской работы; 5
• высокая надёжность оборудования, позволяющая снизить расходы на ремонт и обслуживание. 5

Некоторые недостатки бинокулярных микроскопов:

• более сложная система подсветки, так как света нужно больше, и сложнее обеспечить равномерность освещения; 10
• более сложная система передачи света от объекта к окулярам; 10
• при использовании дополнительных объективных линз возможно сокращение рабочего расстояния и уменьшение поля зрения. 4

Тринокулярные микроскопы обладают такими преимуществами:

• высокое качество всех составляющих; 2
• универсальность; 2
• удобство одновременного наблюдения и съёмки; 2
• возможность соединения с компьютером. 2

Один из недостатков тринокулярных микроскопов с оптическим переключателем светового потока заключается в том, что есть два режима работы: наблюдение в окуляры или запись с третьего тубуса. 3 В моделях без переключателя световой поток делится между оптическим и цифровым каналом с помощью зеркал, поэтому каждый канал получает меньше света, чем создаёт осветительная система микроскопа. 3