Преимущества трёхдоменной системы классификации по Карлу Вёзе:

• Новый уровень классификации над царствами, принятыми в системе 5 или 6 царств. 2
• Признание фундаментального различия между двумя группами прокариот, считая архей более близкими эукариотам, чем бактериям. 2
• Выделение особенностей представителей каждого из трёх доменов, благодаря которым они занимают определённые экологические ниши и выполняют конкретные функции. 2

Недостатки трёхдоменной системы:

• Неоднозначность в отношении царства протистов: оно, вероятно, является парафилетическим и требует разделения на другие таксоны. 2
• Не окончательная принятость системы: она постоянно уточняется и перерабатывается. 1