Некоторые преимущества нумерической таксономии по сравнению с традиционными методами классификации:

• Устранение субъективности. 2 Все признаки объекта принимаются равноценными. 2
• Использование большого количества признаков. 15 В нумерической таксономии учитывают различные характеристики организмов, такие как морфологические, тинкториальные, спорообразование, культуральные, биохимические, физиологические и антигенные свойства. 5
• Создание баз данных. 5 Они служат богатыми источниками информации о фенотипических признаках бактерий и используются для идентификации микроорганизмов. 5

Некоторые недостатки нумерической таксономии:

• Трудоёмкость процесса. 2 Классификация, построенная на принципах нумерической таксономии, — трудоёмкий процесс, который получил развитие и практическое применение благодаря успехам в области вычислительной техники. 2
• Учёт только незначительной части признаков. 2 Как правило, для оценки сходства используют порядка 100 признаков, что составляет приблизительно 10% от количества признаков, определяющих бактериальный фенотип. 2
• Изменение коэффициента сходства. 2 Поскольку объём информации постоянно возрастает, значение коэффициента сходства может меняться в сторону увеличения (при обнаружении новых одинаковых признаков) или уменьшения (при увеличении числа несовпадающих признаков). 2