Преимущества мультиплексной ПЦР по сравнению с другими методами генетического анализа:

• Возможность одновременной амплификации нескольких сегментов гена. 1 Это позволяет проводить скрининговые исследования с минимальными затратами на расходные материалы. 2
• Возможность поиска разных мишеней с помощью одного исследования. 1 Пары праймеров, направленные на последовательности, специфичные для разных организмов или генов, можно комбинировать, чтобы свести к минимуму использование нескольких реакционных сосудов. 1
• Возможность проведения анализа на образцах с субоптимальным качеством ДНК. 1 Для метода требуется небольшое количество ДНК (10–200 нг) в качестве исходной матрицы. 1

Недостатки мультиплексной ПЦР:

• Смешивание различных праймеров может вызвать помехи в процессе амплификации, особенно при увеличении количества используемых пар различных праймеров. 1
• Секвенирование больших последовательных геномных областей с помощью мультиплексной техники может вызвать перекрёстную реакцию между парами праймеров из-за перекрывания праймеров. 1
• Мультиплексная ПЦР ограничивает возможности при идентификации низкокопийных образцов. 2 Если набор реагентов позволяет выявить несколько искомых мишеней, то в случае преобладающего количества ДНК одной или двух мишеней основной объём компонентов будет расходоваться именно на них. 2