Некоторые преимущества метода пиросеквенирования ДНК по сравнению с другими методами:

• Экономия времени. 2 Процедура может быть проведена в режиме реального времени. 2
• Экономическая эффективность. 2 Метод облегчает фазирование гаплотипов и идентификацию структурных генетических вариаций. 2
• Эффективность для быстрого определения большого числа коротких последовательностей ДНК и РНК, выявления единичных мутаций нуклеотидов, повторного секвенирования. 1

Некоторые недостатки метода пиросеквенирования ДНК по сравнению с другими методами:

• Ограничение длины прочтений. 4 Длины отдельных прочтений последовательности ДНК находятся в районе 300–500 нуклеотидов, что короче 800–1000, получаемых методами обрыва цепи (например, секвенированием по Сэнгеру). 4
• Ошибки смещения кадров. 2 Они приводят к систематическим ошибкам при чтении. 2
• Невозможность безошибочно секвенировать протяжённые участки, состоящие из одного и того же нуклеотида. 2
• Большой расход растворов, пропускаемых через проточную ячейку. 3