Преимущества двухфакторного дисперсионного анализа:

• позволяет определить наличие статистически значимых различий между группами по двум независимым переменным (факторам); 1
• даёт возможность оценить влияние каждой независимой переменной на зависимую переменную, а также выявить возможное взаимодействие между факторами; 1
• даёт возможность получить наиболее интересные результаты исследования. 5

Недостатки двухфакторного дисперсионного анализа:

• метод считается неприменимым, если сравниваемые выборки заметно различаются по численности или если статистически доказано различие дисперсий; 5
• число наблюдений в каждой выборке должно быть не меньше 2 (желательно — не менее 5). 5

Таким образом, у двухфакторного дисперсионного анализа есть как преимущества, так и недостатки, и выбор между ними зависит от конкретных условий исследования.