Преимущества цитогенетического метода в генетических исследованиях:

• возможность оценить численные изменения хромосом и структурные аномалии генома (хромосомные перестройки) в одном тесте; 5
• несложность в исполнении (не требует высококвалифицированного персонала); 5
• быстрота и дешевизна метода; 5
• высокоспецифичность (надёжно обнаруживает именно то, что исследуется, и ничего лишнего). 5

Недостатки цитогенетического метода:

• может пропустить тонкие хромосомные аномалии, размеры которых меньше предела разрешения светового микроскопа; 5
• в ряде случаев применение цитогенетического анализа метафазных хромосом бывает затруднено или невозможно (сложность культивирования клеток большинства соматических тканей). 3