Некоторые преимущества файловой системы HPFS перед FAT:

• Более высокая производительность. 3 HPFS оптимизирована для мультизадачной среды и ускоряет одновременную работу программ с файлами, расположенными на дисках большого объёма. 2
• Эффективное использование дискового пространства. 3 HPFS распределяет пространство, основываясь на физических 512-байтовых секторах, а не на кластерах, как в FAT. 1
• Уменьшение фрагментации файлов. 13 Специальный алгоритм размещения файлов значительно уменьшает вредное влияние фрагментации, которая снижает общую производительность системы. 2
• Возможность восстановления файлов. 3 Пространство, освобождённое стертым файлом, обычно используется не сразу, и файл можно восстановить. 3

Некоторые недостатки файловой системы HPFS:

• Неэффективный выбор для объёма около 200 МБ. 5 Из-за накладных расходов, связанных с HPFS, эта система не очень подходит для такого объёма. 5
• Снижение производительности при использовании томов, превышающих около 400 МБ. 5
• Невозможность установить безопасность в HPFS в Windows NT. 5 HPFS поддерживается только в Windows NT версии 3.1, 3.5 и 3.51. 5
• Ограничение для виртуальных машин DOS. 2 Виртуальным машинам DOS, работающим под управлением IBM OS/2, недоступны каталоги и файлы с длинными именами. 2