Горизонтальный перенос генов даёт многоклеточным организмам следующие преимущества:

• Ускорение эволюционного процесса. 5 По сравнению с более длительной передачей генов из поколения в поколение, горизонтальный перенос позволяет развиваться организмам «квантовыми скачками» и приобретать новые признаки. 15
• Повышение генетического разнообразия. 5 Это даёт возможность приобретать новые адаптации и эволюционировать. 5 Например, кофейный жук-мотылёк благодаря горизонтальному переносу гена HhMAN1 способен есть и переваривать кофейные зёрна, в то время как у родственных насекомых нет адаптаций к этой еде. 1
• Распространение устойчивости к антибиотикам. 2 Например, гены, ответственные за устойчивость к антибиотикам у одного вида бактерий, могут быть переданы другому виду. 2