Выделение протопластов даёт следующие преимущества для генной инженерии растений:

• Возможность внедрять новые гены в клетки растений. 1 Для этого используют плазмиду — круглый фрагмент ДНК, содержащий интересующий ген. 1 Плазмида вводится в протопласты, которые затем можно культивировать in vitro, позволяя экспрессировать новый ген. 1
• Получение растений с новыми наследуемыми свойствами. 2 Перенос в изолированные протопласты чужеродных генов позволяет получать в дальнейшем растения с желаемыми признаками, например устойчивостью к гербицидам, инсектицидам и болезням. 1
• Возможность сливать протопласты разных видов растений. 13 Это помогает создавать гибридные растения с желаемыми характеристиками, такими как устойчивость к болезням, повышенная урожайность и улучшенное качество. 1