Некоторые преимущества теории симбиогенеза для понимания происхождения митохондрий и пластид:

• Объяснение происхождения эукариотических клеток от свободноживущих прокариот. 1 Эукариотическая клетка рассматривается как симбиотический организм, некоторые органеллы которого произошли не путём внутриклеточной дифференцировки, а в результате ряда актов симбиоза с прокариотическими организмами. 1
• Объяснение относительной автономности митохондрий и пластид. 1 Они имеют собственную двуцепочечную кольцевую ДНК, как у прокариот, способны самостоятельно перемещаться в пределах клетки и размножаться бинарным делением, часто независимо от деления клетки. 1
• Объяснение утраты способности митохондрий и пластид к самостоятельному существованию. 1 В ходе эволюции значительная часть генетического материала митохондрий и хлоропластов переместилась в ядро, в результате чего эти органоиды утратили способность размножаться вне клетки-хозяина. 2