Некоторые преимущества сайт-направленного мутагенеза по сравнению с другими методами:

• Специфичность. 2 Сайт-направленный мутагенез позволяет создавать конкретные и преднамеренные изменения в последовательности ДНК, гена и продуктов генов. 2 В отличие от ранних попыток мутагенеза с использованием излучения или химических мутагенов, которые приводили к случайным мутациям, сайт-направленный мутагенез даёт более точные результаты. 23
• Возможность исследования. 24 Специфические мутации в ДНК позволяют изучать функции и свойства последовательности ДНК или белка. 23 Кроме того, изменения отдельных аминокислот в результате сайт-направленного мутагенеза в белках помогают понять важность посттрансляционных модификаций. 3
• Применение в белковой инженерии. 2 Сайт-направленный мутагенез используется для генерации мутаций, которые могут привести к образованию рационально сконструированного белка, обладающего улучшенными или особыми свойствами. 3
• Коммерческое применение. 23 Белки могут быть сконструированы для получения мутантных форм, адаптированных для конкретного применения. 3