Некоторые преимущества клеточной селекции перед традиционными методами:

• Возможность проводить в лабораторных условиях селекционные и генетические манипуляции с миллионами генотипов в малом объёме. 1
• Экономия ресурсов и средств. 1 Также удаётся избежать негативного влияния биотических и абиотических факторов среды. 1
• Ускорение срока создания нового сорта. 1 Метод позволяет получать гомозиготный материал из обогащённых в генетическом отношении гибридов без многократного самоопыления за 2–3 года вместо 8–10 лет при традиционной селекции. 5
• Быстрое проявление мутантных признаков. 2 Они возникают на уровне отдельных клеток довольно быстро. 2
• Получение новых типов мутаций, в том числе и биохимического характера. 2