Использование обратной транскриптазы в генетической инженерии даёт следующие преимущества:

• Получение кДНК — копии эукариотического гена, не содержащей интронов. 3 Для этого из организма выделяют зрелую мРНК (кодирующую соответствующий генный продукт: белок, РНК) и проводят с ней в качестве матрицы обратную транскрипцию. 3
• Легче создать условия, когда клетка аккумулирует нужный вид м-РНК, чем отбирать ген из смеси фрагментов ДНК. 1
• Полученную кДНК можно трансформировать в клетки бактерий для получения трансгенного продукта. 3

Кроме того, в процессе синтеза в структуру гена можно встроить необходимые регуляторные элементы, ввести какие-то замены и т. д.. 1