Помимо хлорофилла, в клетках водорослей содержатся, например, такие пигменты:

• Каротиноиды. 12 Придают водорослям оттенки жёлтого, оранжевого и красного цветов. 1 Почти все водоросли содержат α- и β-каротины и их производные — зеаксантин, неоксантин, лютеин, виолаксантин и другие. 2
• Фикобилины. 1 Отвечают за красный, фиолетовый и синий цвета водорослей. 1 К фикобилинам относятся фикоэритрин (красный), фикоцианин и аллофикоцианин (синие). 2
• Фукоксантин. 14 Золотистый пигмент, характерен для большинства охрофитовых водорослей (бурых, диатомовых). 2
• Ксантофилл. 4 Бурый пигмент. 4
• Перидинин. 5 Содержится в динофитовых водорослях. 5
• Эхиненон и миксоксантофилл. 5 Встречаются в цианобактериях. 5

У многих водорослей дополнительные пигменты маскируют зелёный цвет хлорофиллов, из-за чего талломы могут иметь разнообразную окраску (красную, сине-зелёную, бурую, жёлтую и т. д.). 2