Некоторые особенности употребления союза «несмотря на то что» в сложноподчинённых предложениях:

• Если союз стоит в начале предложения, то он обычно не расчленяется запятой (нейтральное значение). 15 Например: «Несмотря на то что недалёк был уже вечер, было душно». 1
• Если придаточное предложение находится в конце СПП, то подчинительные союзы обычно расчленяются (нейтральное значение). 1 Например: «Он отрицал свою вину, несмотря на то, что она была очевидна». 1
• В зависимости от смысла высказывания и желания автора логически подчеркнуть важное, союз может расчленяться, и тогда запятая ставится перед словом «что». 5 Например: «Вода в озере была достаточно чистая, несмотря на то, что здесь гнездилось много птиц». 5
• Если перед составным союзом стоят частицы или наречия, которые усиливают или ограничивают его, это также приводит к расчленению союза. 5 Например: «Несмотря на то, что он устал, что он давно не отдыхал, что у него совсем не осталось сил, он продолжал удерживать позицию». 5