Несколько особенностей структуры политенных хромосом, которые делают их удобными для исследования:

• Гигантский размер. 15 Политенные хромосомы значительно увеличиваются в размерах, что облегчает их наблюдение. 1
• Характерная исчерченность. 1 Каждая хромосома вдоль длины разбита на множество тёмных и светлых полос — дисков и междисковых районов. 3 При этом каждый участок хромосомы характеризуется чётким и строго постоянным рисунком расположения дисков и междисковых пространств. 3
• Наличие пуфов. 2 В политенных хромосомах процесс транскрипции сопровождается формированием пуфов — характерных вздутий определённых дисков. 2
• Постоянное пребывание на стадии интерфазы. 3 Это позволяет хромосоме активно функционировать на протяжении всего периода личиночного развития. 3

Благодаря этим особенностям политенные хромосомы позволяют, например, визуализировать участки активного и неактивного хроматина, изучать общую структуру хроматина, составлять цитологические карты. 12