Две цепи ДНК удерживаются вместе благодаря водородным связям между азотистыми основаниями в соответствии с принципом комплементарности. 34

Некоторые особенности структуры ДНК, которые способствуют образованию таких связей:

• Антипараллельность цепей. 23 Цепи направлены в противоположные стороны: 5’-конец одной цепи связан с 3’-концом другой цепи, и наоборот. 1
• Одинаковая геометрия пар оснований. 1 Это позволяет построить двуспиральную молекулу с постоянным расстоянием между цепями. 1
• Специфическое связывание оснований. 4 Аденин соединяется только с тимином, гуанин — только с цитозином. 4
• Плотное слипание оснований. 1 Такое слипание (стэкинг-взаимодействие) делает связь между цепочками ещё более прочной. 1