Некоторые особенности строения фиалки трёхцветной, которые делают её узнаваемой среди других видов:

• Корень. Тонкий, стержневой, маловетвистый, буроватый корень, почти отвесно внедряющийся в землю. 13
• Стебель. Обыкновенно ветвистый, трёхгранный, голый или опушённый отогнутыми вниз волосками, полый внутри, достигающий в высоту 10–30 (45) см. 13
• Листья. Очерёдные, черешковые, голые или по жилкам рассеянно-волосистые, крупногородчатые. 13 Нижние листья широкояйцевидные, с довольно длинными черешками, верхние — продолговато-ланцетные, сидячие с короткими черешками. 13
• Соцветие. Фрондозная простая кисть. 13 Цветки зигоморфные, сидящие на длинных, трёх- или четырёхгранных, голых или слегка опушённых, наверху загнутых цветоносах, выходящих поодиночке из листовых пазух. 13
• Чашечка. Пятилистная, зелёная, после цветения неопадающая. 13
• Венчик. Плоский из пяти свободных лепестков, в его окраске преобладает синий цвет. 12