На окраску бактерий по методу Грама влияют особенности строения их клеточной стенки: 23

• Грамположительные бактерии имеют толстую клеточную стенку, состоящую из нескольких слоёв пептидогликана (муреина). 2 Эта структура позволяет удерживать основной фиолетовый краситель при обработке спиртом. 2 В результате грамположительные бактерии окрашиваются в фиолетовый цвет. 2
• Грамотрицательные бактерии имеют более тонкий слой пептидогликана, окружённый дополнительной внешней мембраной, содержащей липополисахариды. 2 Эта структура не удерживает фиолетовый краситель после обработки спиртом, поэтому бактерии окрашиваются в красный цвет после нанесения фуксина. 2

Кроме того, на результаты окрашивания по Граму могут влиять возраст культуры и предварительная обработка бактерий антибиотиками. 5