Некоторые особенности скелета археоптерикса, которые делают его похожим на современных птиц:

• Ключицы срастались, образуя вилочку, что характерно для современных птиц и дейнонихозавров. 1
• Большой палец задней конечности археоптерикса был полностью противопоставлен другим пальцам, что типично для современных птиц. 13
• Передние конечности археоптерикса были трёхпалыми, с хорошо развитыми фалангами, пальцы снабжались большими когтями. 5
• Запястья археоптерикса были образованы за счёт полулунных костей, при этом другие кости оставались подвижными. 2
• В скелете археоптерикса была дужка — характерно изогнутая грудная кость, имеющаяся у всех птиц. 4

Однако у археоптерикса есть и отличия от современных птиц, например:

• В скелете археоптерикса отсутствует киль — кость, расположенная у птиц под грудной клеткой, к которой прикрепляются мышцы, позволяющие летать. 4
• Три пальца на конце передней лапы, превратившейся в крыло, у археоптерикса не слиты вместе, как у современных птиц, а разъединены. 4