Медь (Cu2+) в составе малахита придаёт минералу характерный зелёный цвет. 1
Кристаллическая структура малахита состоит из цепочек чередующихся ионов Cu2+ и ионов OH− с суммарным положительным зарядом, сплетённых между изолированными треугольными ионами CO32−. 1
При этом различные оттенки зелёного цвета малахита зависят от включения в него других минералов, например хризоколлы, асперолита, элита. 2