Некоторые основные проблемы, которые возникают в таксономии при определении способа бытия таксона:

• Несогласованность представлений разных исследователей. 2 Объём и границы одних и тех же таксонов оцениваются по-разному, что определяется различными научными подходами. 2 Это приводит к критике идеи объективной таксономической расчленённости природы и сомнениям в реальности таксонов. 2
• Отсутствие адекватных теоретических моделей таксонов. 2 Это выражается в отсутствии устойчивого консенсуса в научном сообществе по поводу конкретных границ между таксонами одного ранга и по поводу принадлежности отдельных таксонов к тому или иному таксону более высокого ранга иерархии. 2
• Неравноценность признаков. 4 Один и тот же признак в разных группах может иметь самое разнообразное таксономическое значение. 4
• Временная непрерывность таксономической реальности. 5 Палеонтологические исследования выявляют временной аспект бытия таксонов, что приводит к развитию новой эволюционной онтологии, в которой таксоны не статичны и являются фрагментами эволюционирующей в пространстве и времени системы живых организмов. 5