Некоторые основные проблемы, которые возникают при управлении интеграцией междисциплинарных проектов:

• Теоретические трудности. 2 Проблемы взаимопонимания, профессиональные барьеры, неопределённость получаемых результатов. 2 Также могут быть сложности с приведением результатов к интегрированному виду, который имел бы реальную научно-практическую значимость. 2
• Организационные трудности. 2 Потребность в специальной материально-технической базе, проблемы координации участников проекта. 2
• Психологические препятствия. 2 Разногласия, борьба за руководство в проекте, взаимное недоверие или неверие в успех, отсутствие в команде опытного и грамотного лидера, утрата мотивации в группе. 2
• Затягивание проекта. 2 Участникам необходимо время на обсуждения, совещания, согласование точек зрения, преодоление возможных конфликтов. 2
• Территориальная разрозненность участников. 1 Это особенно сложно для больших научных коллективов, ориентированных на решение задач регионов. 1
• Трудоёмкость информационного обеспечения. 1 Междисциплинарный характер проектов делает процесс поиска информации крайне трудоёмким. 1