В процессе индивидуализации образования существуют следующие основные проблемы:

• Неравенство учащихся. 1 При построении индивидуальной образовательной траектории учащемуся требуется выбирать учебные курсы, уровни их освоения, содержание образовательных программ, методы и технологии. 1 Эти уровни и технологии не являются общедоступными. 1

• Отсутствие у учащихся навыков управления своим образованием. 1 Предоставление индивидуальных маршрутов развития нецелесообразно при отсутствии у школьников навыков управления своей образовательной деятельностью. 1

• Неготовность педагогов к индивидуализации. 1 Большинство педагогов желают выполнять свою профессиональную деятельность по единым программам. 1

• Готовность к выбору индивидуального образовательного маршрута. 1 Пока не разработано методов и средств оценки такой готовности, не имеется способов её измерения. 1

• Вмешательство родителей в образовательный процесс. 1 Родители могут неверно расценивать образовательные потребности своих детей и их образовательные возможности. 1

• Противоречие между необходимостью раскрытия способностей каждого ученика и существованием классно-урочной системы. 2 Она не учитывает индивидуальные способности учеников. 2