Основные преимущества использования сетей Петри в моделировании систем:

• возможность с требуемой точностью представлять ветвящиеся, параллельные, циклические процессы; 14
• наличие средств анализа и моделирования в реальном масштабе времени; 14
• возможность с достаточной степенью детализации моделировать процессы управления в параллельных системах и протоколы взаимодействия; 1
• простота визуализации процессов в системе. 3

Некоторые недостатки использования сетей Петри в моделировании систем:

• трудоёмкость разработки моделей; 1
• невыразительность и сложность аппарата сетей Петри как средства визуализации моделируемого процесса и результатов имитационных экспериментов; 1
• сложность моделирования больших систем; 3
• ограничения на типы процессов, которые можно моделировать; 3
• не всегда эффективность для сложных динамических систем. 3