Основные преимущества метода флуоресцентной микроскопии по сравнению с другими методами исследования клеток и тканей:

• Возможность визуализации структуры клеток и тканей, изучения их физиологии, функций и поведения. 1
• Высокая чувствительность. 1 Чтобы обнаружить вещество, достаточно всего его 50 молекул на кубический микрометр. 1
• Возможность окрашивания разных молекул разными цветами. 1 Это позволяет отслеживать одновременно несколько типов молекул. 1

Некоторые недостатки метода флуоресцентной микроскопии:

• Физические ограничения. 3 Из-за дифракции света точка микроскопического изображения предстаёт не точкой, а световым пятном, окружённым тёмными и светлыми кольцами. 3 Если молекулы находятся близко друг к другу, пятна сливаются. 3
• Потеря способности к флуоресценции (фотообесцвечивание) при накоплении повреждений от электронов, возбуждающихся при флуоресценции. 2
• Фототоксичность для некоторых объектов, особенно сильно она проявляется от света с короткой длиной волны. 12