Основные преимущества синхрофазотрона по сравнению с другими ускорителями:

• Компактность. 1 Для таких установок не нужно изготавливать огромные магниты, здания под них гораздо компактнее, фактически нужно сооружать только туннель. 1
• Высокий темп набора энергии частицами на коротких дистанциях. 1 До сотен ГэВ на метр. 1

Некоторые недостатки синхрофазотрона:

• Необходимы сложные инженерные системы для быстрой синхронизации всех параметров в течение цикла. 1
• Частота электрического поля не постоянна: она увеличивается по мере ускорения частиц. 2
• Невозможность использовать для ускорения дейтронов, альфа-частиц или тяжёлых ионов без простой перестройки электрооборудования. 4