Основные отличия между программной и XML-конфигурацией в Hibernate:

1. Программная конфигурация позволяет загружать и настраивать детали базы данных и соединения программно с помощью класса Configuration. 1 Этот подход удобен, если нужно динамически обновлять информацию о подключении во время выполнения, например, менять тип или имя базы данных. 4
2. XML-конфигурация предполагает предоставление деталей базы данных в XML-файле. 1 По умолчанию Hibernate загружает файл с именем hibernate.cfg.xml из пути к классам. 1 Также можно создать XML-файл с другим именем и передать его имя. 1

Таким образом, основное отличие в том, что программная конфигурация позволяет работать с деталями базы данных через код, а XML-конфигурация — через файлы с настройками в формате XML.