Основные отличия между казёнными и автономными учебными заведениями:

1. Казённое учреждение оказывает государственные (муниципальные) услуги, выполняет работы и исполняет государственные (муниципальные) функции. 13 Его деятельность финансируется за счёт средств бюджета на основании бюджетной сметы. 1 Имущество казённого учреждения находится в государственной собственности, оно не может распоряжаться этим имуществом без согласия собственника (то есть государства). 2
2. Автономное учреждение — некоммерческая организация, созданная РФ, субъектом РФ или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, средств массовой информации, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта. 3 Собственник имущества автономного учреждения не несёт ответственности по его обязательствам. 1 Учреждение вправе осуществлять приносящую доходы деятельность только для достижения целей его создания и в соответствии с этими целями при условии указания такой деятельности в его учредительных документах. 1 Доходы, полученные от этой деятельности, и имущество, приобретённое за счёт этих доходов, поступают в самостоятельное распоряжение автономного учреждения. 1