Некоторые основные недостатки импакт-фактора как научного показателя:

• Число цитирований не отражает качество исследования. 12 По этому коэффициенту нельзя судить о том, насколько грамотно и правильно написана та или иная работа, как работает редактор журнала и происходит отбор научных работ для публикации. 3
• Промежуток времени, когда учитываются цитирования, слишком короток. 12 Классические статьи часто цитируются даже через несколько десятилетий после публикации, но не попадают под расчёт показателя. 12
• Природа результатов в различных областях исследования приводит к различной частоте публикации результатов, которые оказывают влияние на импакт-факторы. 12 Например, медицинские журналы часто имеют большие импакт-факторы, чем математические. 12