Некоторые методы удаления лишних вершин при булевом вычитании:

• Объединение совпадающих вершин вручную. 2 Для редактируемых сеток это можно сделать в режиме Edit Mesh. 2
• Проверка порядка булевых операций. 1 Сначала нужно выполнить объединение, а потом вычитание, или применить булеву операцию и чуть сдвинуть один объект. 1
• Применение масштаба. 1 Нужно проверить, нет ли отрицательного масштабирования, и если есть, применить его (Ctrl+A → Scale). 1 Затем пересчитать нормали (Tab, Ctrl+N). 1
• Использование аддона 3D-print toolbox. 1 Он помогает найти дыры в объекте и другие ошибки в сложных моделях. 1 Для этого нужно активировать аддон в настройках (File → User Preferences (Ctrl+Alt+U)), войти в Toolbox 3D-вида (T), выбрать вкладку Edit Mode и нажать Checks: → Solid. 1 Внизу появится сообщение с количеством «неправильных рёбер». 1
• Разбиение сложных полигонов. 1 Если в результате многочисленных булевых операций создался N-гон сложной формы, его можно разбить на более мелкие полигоны или подразделить большой исходный полигон, который участвует в операции, с более мелким или детальным объектом. 1