Какие основные методы используются в молекулярной филогенетике?

Некоторые основные методы, которые используются в молекулярной филогенетике:

• Метод матрицы расстояний. 3 Его основа — расчёт попарных различий между соответствующими генами всех видов, участвующих в анализе. 3 Гены каждого анализируемого вида сравниваются по каждой позиции нуклеотидов, и чем больше найдено отличий, тем больше будет «расстояние» между видами. 3 Затем строится матрица, в которую заносится это значение для каждой возможной пары сравниваемых генов. 3
• Метод максимального правдоподобия. 3 Для расчёта кладограммы, помимо последовательности ДНК, надо выбрать модель замены нуклеотидов, на основании которой будут рассчитываться вероятности. 3 Также в расчёт берётся длина ветви или эволюционная дистанция между двумя таксонами. 3 Во время анализа рассчитывается, какая длина ветви наиболее вероятна с точки зрения выбранной модели, вероятности всех ветвей кладограммы умножаются, и кладограмма, имеющая наибольшую вероятность, считается правильной. 3
• Байесовский вывод. 3 Он похож на метод максимального правдоподобия, поскольку также основывается на модели и длине ветвей. 3 Но отличие Байесовского вывода в том, что тут берётся в расчёт ещё один фактор — апостериорная вероятность, которая рассчитывается на основании как исходных данных, так и полученных результатов анализа. 3
• Метод парсимонии (метод экономии числа событий). 5

Каждый из этих методов использует свой алгоритм для моделирования эволюционного процесса. 5 Использование нескольких разных алгоритмов повышает надёжность получаемого предсказания. 5