Какие основные методы используются в молекулярной филогенетике?

Некоторые основные методы, которые используются в молекулярной филогенетике:

• Метод матрицы расстояний. biomolecula.ru Его основа — расчёт попарных различий между соответствующими генами всех видов, участвующих в анализе. biomolecula.ru Гены каждого анализируемого вида сравниваются по каждой позиции нуклеотидов, и чем больше найдено отличий, тем больше будет «расстояние» между видами. biomolecula.ru Затем строится матрица, в которую заносится это значение для каждой возможной пары сравниваемых генов. biomolecula.ru
• Метод максимального правдоподобия. biomolecula.ru Для расчёта кладограммы, помимо последовательности ДНК, надо выбрать модель замены нуклеотидов, на основании которой будут рассчитываться вероятности. biomolecula.ru Также в расчёт берётся длина ветви или эволюционная дистанция между двумя таксонами. biomolecula.ru Во время анализа рассчитывается, какая длина ветви наиболее вероятна с точки зрения выбранной модели, вероятности всех ветвей кладограммы умножаются, и кладограмма, имеющая наибольшую вероятность, считается правильной. biomolecula.ru
• Байесовский вывод. biomolecula.ru Он похож на метод максимального правдоподобия, поскольку также основывается на модели и длине ветвей. biomolecula.ru Но отличие Байесовского вывода в том, что тут берётся в расчёт ещё один фактор — апостериорная вероятность, которая рассчитывается на основании как исходных данных, так и полученных результатов анализа. biomolecula.ru
• Метод парсимонии (метод экономии числа событий). bsu.bio

Каждый из этих методов использует свой алгоритм для моделирования эволюционного процесса. bsu.bio Использование нескольких разных алгоритмов повышает надёжность получаемого предсказания. bsu.bio