Какие основные методы докинга используются в молекулярной биологии?

Некоторые основные методы докинга, которые используются в молекулярной биологии:

• Систематические методы. ru.ruwiki.ru Это методы последовательного перебора всех возможных положений лиганда в активном центре белка-мишени. ru.ruwiki.ru Такие методы гарантируют нахождение глобального минимума за конечное число шагов. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru
• Эвристические методы. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru Используют эмпирические стратегии поиска глобального минимума, которые ускоряют процедуру. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru К таким методам относятся эволюционные и генетические алгоритмы, алгоритмы поиска с табу, стайные алгоритмы оптимизации. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru
• Термодинамические методы. ru.ruwiki.ru К ним относят моделирование отжига. ru.ruwiki.ru
• Методы Монте-Карло. ru.ruwiki.ru scienceinfo.com Включают случайное внедрение лигандов в сайт связывания рецептора, оценку их и создание новой конфигурации. scienceinfo.com
• Ансамблевый докинг. journal-biogen.org Альтернативная стратегия, при которой используется набор конформаций рецептора с различными связанными лигандами, для каждой из которых проводится жёсткий докинг с последующим объединением всех результатов. journal-biogen.org
• Последовательный докинг. ru.wikipedia.org Применяется для докинга нескольких низкомолекулярных соединений (лигандов). ru.wikipedia.org После докинга одного из лигандов в отдельный файл сохраняется структура белка с данным лигандом. ru.wikipedia.org Далее алгоритм повторяется, и реализуется докинг для второго лиганда в ранее сохранённую структуру. ru.wikipedia.org