Некоторые факторы, влияющие на численность средиземноморской черепахи:

• Трансформация природных ландшафтов. 1 Застройка и развитие аграрного сектора приводят к разрушению мест обитания черепах, сокращению кормовой базы и изменению микробиотопов. 1
• Интенсивное рекреационное использование территории. 4 Ареал средиземноморской черепахи практически полностью находится в зоне, освоенной человеком. 3 Это курорты, санатории, курортники и туристы, которые вылавливают черепах. 34
• Механическая обработка почвы. 4 При обработке почвы сельхозмашинами уничтожаются кладки черепах. 3
• Незаконный вылов. 2 Черепахи вылавливаются для продажи и содержания в домашних условиях. 2
• Инбридинг. 4 В обособленных популяциях размножение затормаживается, поскольку происходит инбридинг. 3

Из-за множества негативных факторов численность средиземноморской черепахи сокращается, и вид занесён в Красную книгу России. 3