В качестве биоиндикаторов не пригодны организмы, подверженные сильному воздействию болезней, вредителей и паразитов. 1

Также неоднозначно, какой один вид полностью исключает возможность использования в индикационных целях. 4 Лучше исследовать комплекс организмов, из которых одни могут быть индикаторами на влажность, другие — на температуру, третьи — на химический или механический состав. 4

В качестве биоиндикаторов могут использоваться различные виды бактерий, водорослей, грибов, растений и животных. 5 Например, лишайники, мхи, ракообразные, хирономиды, моллюски, личинки ручейников, подёнок, веснянок. 5

Выбор конкретного индикатора зависит от конкретных задач и условий исследования.