Некоторые ограничения спектрального анализа:

• Разрешающая способность прибора. 1 Например, при анализе оптического спектра предел разрешающей способности — шаг между ячейками регистрирующей матрицы или размер зерна фотопластинки. 1 При спектральном анализе сигналов, меняющихся во времени, предел разрешения спектра определяется периодом дискретизации во времени для цифровых устройств и собственными АЧХ для аналоговых устройств. 1
• Потребность в точных данных. 2 Также необходимо, чтобы анализируемые данные были стационарными (то есть их статистические свойства не менялись с течением времени). 2
• Подходность для не всех типов данных. 2 Спектральный анализ может потребовать сложных математических моделей. 2
• Влияние помех. 3 Они могут существенно искажать результаты анализа, особенно при наличии сосредоточенных помех. 3