Некоторые ограничения при использовании критерия хи-квадрат в генетике:

• Наименьшая численность класса должна быть не менее 5 особей. 2 В противном случае метод хи-квадрат может дать неточные результаты. 4
• Объём выборки должен быть более 50. 3 При небольшом объёме выборки тест хи-квадрат может быть неточным при оценке взаимосвязи между переменными. 4
• Наблюдения должны быть независимыми. 4 Если наблюдения зависят друг от друга, тест хи-квадрат может дать неточные результаты. 4
• Теоретически ожидаемые частоты в классах не должны быть слишком малы. 4 Когда ожидаемые частоты слишком малы, тест хи-квадрат также может дать неточные результаты. 4