Некоторые ограничения на применение закона Харди-Вайнберга в реальных популяциях:

• Малая численность популяции. 2 В малочисленных популяциях закон Харди-Вайнберга не применим, так как статистические закономерности, на которых он основан, не имеют значения в случае малых чисел. 2
• Неслучайное скрещивание. 4 Например, из-за кровнородственных браков в популяции повышается количество гомозигот. 3 Также нарушение происходит, если в популяции есть подгруппы, участники которых вступают в брак в пределах собственной подгруппы, а не популяции в целом. 4
• Миграции. 24 Приток или отток новых генотипов в популяцию нарушает закон Харди-Вайнберга. 1
• Мутации и отбор. 45 Отбор за или против конкретных аллелей и новые мутации, добавляющие аллели к генному пулу, также влияют на применение закона Харди-Вайнберга. 4

В реальных популяциях условия, необходимые для действия закона Харди-Вайнберга, не соблюдаются, поэтому он носит условный характер. 25