Некоторые недостатки критерия фальсифицируемости:

• Неэффективность как критерия демаркации. 1 Последовательное применение критерия означает, что научная теория может быть отнесена к сфере науки только после того, как будет опровергнута опытом. 1
• Несогласие с реальной практикой науки. 14 Научное сообщество часто вынуждено сохранять даже опровергнутую теорию до создания более успешной. 1
• Опасность «порочного круга». 4 Возникает в случае применения принципа фальсифицируемости по отношению к самому принципу фальсифицируемости: если он нефальсифицируем, то не является научным суждением, а если же он фальсифицируем, то неясны основания подобной фальсификации. 4
• Трудности с фальсификацией некоторых достижений в теоретической физике. 5 Например, трудно сказать, фальсифицируемы ли некоторые теории струн, когда практически любую фундаментальную теорию физики можно смоделировать, модифицировав струны в соответствии с экспериментальными результатами. 5